朝天宮經此擾攘，未免殘破，浣衷遂再賈其餘勇二度重興朝天宮，其行足可與二代祖師能澤相輝映，而其心力之勞瘁，亦可知矣！嘉慶末年，除丹嚴一系外，諸徒皆已散往各方發展。丹嚴傳徒清泰、清順二人，清順亦往外發展，未留朝天宮。清泰傳見應、見昇、見益三人。見應復傳瑞合、瑞芳（後受聘臺南市普濟殿任住持）、從愿、佛傳；見昇傳從祐。師徒數代共處，和衷雍穆。道光四年（西元1824年）浣衷圓寂世壽六十，其時清泰、見應雖未過逝，然瑞合賢，遂以瑞合繼任住持。道光十七年，距上次重修已二十餘年，殿宇不無剝蝕，瑞合乃發心向各界善信募款重修。 福建水師提督王得祿感其誠，除捐款義助外，並獻「海天靈貺」匾一方及直徑九十五公分之大鼓、直徑七十八公分之梵鐘乙個以表崇敬。此次重建，最值一提者，則為泉郊新德泰號敬捐雙龍戲珠石陛，石陛現存於五文昌殿前。石陛所雕之雙龍戲珠圖，下層為海濤，畫面雲霧迷漫，雙龍半隱半現欲奪一珠，形狀栩栩始生，可謂為臺灣現存清代石雕中之極品。 道光十九年，西元（一八三九年），以媽祖於嘉慶中，助子爵軍門太子太保王得祿，平定海寇，禮部奉准欽差侯補道王朝綸，賫御書匾額，加封詔誥，致祭。祭文為： 奉天承運　皇帝制曰：國家懷柔百神，式隆祀典，海嶽之祭，罔有弗虔。乃明祇效靈，示天心之助順，滄波協應，表地紀之安流，聿宏震疊之威，克贊聲靈之赫濯，豈繫人力，實惟神庥，不有褒稱，曷彰偉伐。惟神鐘奇湄島，綏奠臺疆，國朝以來，累昭靈異。前者海氛不靖，天討用張，舟師奏凱。歷波濤之險，如枕席之安，潮汐無虞，師徒競奮，風飄忽轉，士氣倍增,殲鯨鯢於崇朝，成貂貅之三捷，神威有赫，顯號宜加，特封為：「護國庇民、妙靈招應、弘仁普濟天上聖母」。並賜春秋祭祀，行三跪九叩禮。以父衍澤公暨母王氏夫人配享後宮，命該地縣丞、千總每逢春秋祭日，虔誠與祭，朔望行香，欽此欽遵，載諸祀典。神其佑我兆民，永著安瀾之績，眷茲景命，益昭重潤之休，敬遣禮官，懸掛匾額，並修祀事，惟神鑑之。 清廷特賜春秋祭祀，諭飭笨港縣丞、笨港千總每逢祭日，虔誠與祭，朔望行香。以聖父衍澤公暨母王氏夫人配享後殿。『天上聖母』封號，此為首度見於官方文書。王得祿為有清一代，台灣人任官至最高階者，本宮因其奏請，而得道光皇帝誥封賜匾，因而成為全台媽祖信仰信中心。 第十代僧瑞合傳徒三人，振明、振華與振寶，並 派振明赴福 建漳州府龍溪縣天柱嚴，從其住持研習佛法。從愿則傳淡如、淡轉二人。咸豐七年（西元1857年）瑞合圓寂，振明繼其任。振明傳朝慶、朝祥、朝復三人。朝慶傳達聰、達慎二人。達聰亦聰敏好學，致力研習佛法，並於振明圓寂後繼任住持，稱怡山都戒元，彼傳徒添澤、添品、添潤、添洪四人。添澤勤奮好學，後繼達聰接任本宮住持，彼傳徒勤禮、惟參二人；添品則傳徒勤智一人。勤禮復傳頓超。頓超傳松茂、松林。    咸豐初，嘉義縣訓導蔡如璋，因感廟宇不敷用，適咸豐四年，世襲子爵特授江安十縣儲糧道王朝綸，返臺勸進米石，共議重修各殿，增築後宮，以配祀神父積慶衍澤公暨母王氏夫人，神兄靈應仙官，神姊慈惠夫人。議定，委員募款興建。