光緒十二年(西元一八八六年)夏，嘉義西門街恭 迎本宮天上聖母賽會。是歲大旱，嘉義縣令羅建祥切念民瘼，建壇累祈不雨，見人民崇奉聖母甚虔，乃齋戒三日，親身虔請聖像祈禱。登壇未幾，而大雨傾盆，紳民歡呼，感戴不已。 於是該地紳士工部主事徐德欽，直小請嘉義縣羅建祥，將情詳陳撫憲劉銘傳，咨部奏請欽賜匾額懸掛，以垂不朽。禮部奏准，乃於光緒十三年五月，由嘉義縣令羅建祥、工部主事徐德欽，寶奉御筆：『慈雲灑潤』匾額，金帛棄盛，到宮懸掛致祭。 光緒二十年十月，北港街大火，全街幾歸灰燼，但是神靈威赫朝天宮屹立不動。唯拜殿被焚一部。翌年日軍侵臺，未及修築，淪陷後，因治安紊亂，草草予以重建。至光緒三十一年四月，嘉義地方發生大地震，北港街災情慘重，本宮大殿破損，四垂亭倒壞。區長蔡然標乃謀於地方紳士倡議募捐重建，而得北港支廳長日人安武昌夫之援助，始得付諸實現。 此次重建，勸募捐款，遍及全臺，捐款人數達三萬餘人，其中部分芳名刻在朝天宮四圍石欄杆上。輪奐更新，本宮觀瞻，更加富麗。民國四年西來庵抗日事件發生，日人開始調查臺灣寺廟狀況，並逐步納入管理。民國十年三月，朝天宮成立管理委員會，由北港區長蔡然標任管理者，接管本宮庶務。住持僧侶專負祭祀諸務，時住持頓超命其徒松茂往浙江普陀山學法受戒。松茂稟賦甚佳，又勤學，為不可多得之人才，惜天不假年，二十即逝。民國十二年住持頓超圓寂，其徒松茂已先一年圓寂，松林亦離去。傳承二百餘年之僧統至此遂絕。 後再聘同屬臨濟宗系之臺南竹溪寺僧眼淨師為本宮住持。至民國六十年眼淨圓寂，聘其徒然妙繼任。然妙於民國七十六年十二月圓寂後，本宮再聘其徒常定繼任。 日本據臺時期，因日本為『神道』國家，上自至天皇，下至庶民，皆信仰神祗，在臺官員對本宮亦甚維護，如民國三年（大正三年，西元一九一四年）第五任臺灣總督佐久間左馬太陸軍大將特獻『享于克誠』匾額，民國十九年(昭和四年，西元一九三○年)第十三任總督石塚英藏獻『神恩浩蕩』匾額。 民國二十六年(西元一九三七年)中日戰爭爆發，日人在臺灣實行皇民化運動，本鎮寺廟，受摧殘甚厲，各宗姓廟宇及王爺廟等俱被拆燬，僅本宮仍受保全，但仍被迫與日本臨濟宗聯宗。 朝天宮三百年來屢經擴建，面目一新，宮宇巍峨，觀瞻富麗，規模之大，雖然未冠絕全島，然因神靈顯赫，信者眾多，每屆香期，各地信徒結隊而來，則感宮庭狹隘，不堪收容。因其周圍，民居錯雜，無從復再擴建，民國四十五年，管理委員會乃在宮前之中央市場，覓地新建一座樓臺，名曰：宗聖。中西合璧，堪稱偉構，臺高七丈，上設護欄，憑欄遠眺，全鎮勝景，可收眼下。樓分三層，樓下商戶，二樓沐恩廳，備供香客休息，並作種種展覽會場，三樓慕範堂，設一新式舞臺，以供聘演梨園或放映電影，或充作喜慶禮堂。二樓正面，另設一舞臺，龍柱宮燈，古色古香，甚為瑰麗，與本宮相向，以供不時演戲酬神之用。 民國四十八年，朝天宮因風雨剝蝕，金粉脫落，棟樑亦有腐朽，朝天宮管理委員會再進行重修，自是年始，改修正殿屋頂，至五十二年十月告一個段落，是年十一月，再召工整修前殿屋頂，至五十三年完工，材料費不計，工資共合支出七十餘萬元。此次重修，延聘彰化縣永靖鄉人江清露，製作屋上各種剪粘粧飾，益加華麗美觀，琳瑯滿目，嘆為觀止。 臺灣光復後，本省百業復甦，政府官員重視民心向背，民國四十六年(西元一九五七年)臺灣省政府主席周至柔上將來本宮獻『光澤四海』匾。五十五年省政府主席陳大慶上將也獻『厚德歸民』匾額。民國五十六年(西元一九六七年)國防部長蔣經國亦來本宮訪視，此後直至其擔任總統，前後來本宮十二次之多，並於民國六十四年(一九七五)行政院長任內，親獻本宮『人和年豐』匾額。第八任總統李登輝也多次前來本宮，並於民國七十九年七月由臺灣省政府主席連戰代獻本宮『澤厚民豐』匾額。